Для данного будем использовать дополнительный модуль baxtep .
Забираем исходники:
svn checkout http://baxtep.googlecode.com/svn/trunk/ baxtep
Берем:
cd baxtep
phpize
./configure
make
После сборки вытаскиваем baxtep.so из директории ./modules/ и размещаем в extension_dir
Создаем конфиг
nano /etc/php5/conf.d/baxtep.ini
extension=baxtep.so
; Absolute path to logfile. File must exist and have write access for php
baxtep.logfile = «/var/log/baxtep_messages»
Творим вручную лог
touch /var/log/baxtep_messages
Ребутаем вебсервер
service httpd restart
Логгируются страшные функции вроде exec();, system();, shell_exec(); или passthru();