Для дефрагментации ext4 возможно воспользоваться программой e4defrag. Если ее нет в системе, взять можно отсюда:
git clone git://git.kernel.org/pub/scm/fs/ext2/e2fsprogs.git
Может быть, что эта программа может лежать в пакете e2fsprogs. Команда дефрагментации:
e4defrag /dev/sda1