Когда при запуске CBuilderX появляется ошибка:
No protocol specified
то скорее всего запуск исполняется из-под root, а система не дает пользователю root подключаться к X-серверу из соображений сохранности.
Чтобы обойти это ограничение, надо в файл ~/.profile текущего юзера добавить команду:
xhost +local:root
После чего надо перелогиниться, и опять попытаться запустить CBuilderX из-под root с помощью su или sudo. Программа должна хорошо запуститься.